Lors du Congrès de la Soummam, le 20 août 1956, la Wilaya VI fut officiellement créée et son cadre géographique fut défini. Celui-ci s’étendait au sud du département d’Alger, avec pour limites septentrionales Berdou, Boghari, Bir Ghbalou et Aïn Bessem, tandis qu’il englobait, dans sa partie méridionale, le Sahara algérien.

Le colonel Ali Mellah, dit Si Chérif, fut désigné à sa tête. Il avait supervisé les premières opérations de la nuit du 1er Novembre 1954 à Azazga, dans la wilaya de Tizi Ouzou. Il entreprit alors de structurer la Wilaya VI après que la Wilaya IV eut placé la Zone I sous son autorité. Il poursuivit cette mission jusqu’à son martyre, en mars 1957, au village de Siouf, dans l’actuelle wilaya de Médéa.

Après sa disparition, les deux martyrs Si El Haouès et Omar Idriss, après avoir pris contact avec le Comité de coordination et d’exécution, s’employèrent à réorganiser la Wilaya VI. Cette réorganisation fut effectivement réalisée durant l’été 1958 avec la nomination du colonel Si El Haouès à la tête de la Wilaya. Certaines zones détachées des wilayas voisines furent alors rattachées à la Wilaya VI, à savoir :

• La Zone I (Berrouaghia), détachée de la Wilaya IV, conserva la même appellation au sein de la Wilaya VI.
• La Zone II (Laghouat), détachée de la Wilaya V, conserva également la même appellation au sein de la Wilaya VI.
• La Zone III, détachée de la Wilaya I et rattachée à la Wilaya VI à la demande de Si El Haouès, fut divisée en deux zones :
• La Zone III, comprenant Djebel Messaad et Bou Saâda ;
• La Zone IV, comprenant Biskra et ses environs.

Durant la période où le colonel Si El Haouès assuma la direction de la Wilaya VI, celle-ci connut une importante organisation et une structuration administrative et militaire destinées à faire face, d’une part, aux plans coloniaux mis en œuvre par le général de Gaulle et, d’autre part, aux mouvements hostiles à la Révolution, notamment le mouvement de Bellounis, soutenu par les autorités de l’occupation française.

Après le martyre du commandant Si El Haouès, tombé aux côtés du chef de la Wilaya III, le colonel Amirouche Aït Hamouda, ainsi que de la majorité des cadres de la Wilaya VI lors de la bataille de Djebel Thameur, à Bou Saâda, les 28 et 29 mars 1959, le commandant politique Taïeb Djaghlali fut nommé à la tête de la Wilaya VI, en remplacement du colonel Si El Haouès.

Après le martyre du colonel Taïeb Djaghlali, le 29 juillet 1959, les chefs des différentes zones constituèrent, en juillet 1959, un Conseil de direction de la Wilaya VI et désignèrent le sous-officier supérieur Mohamed Chaabani à sa tête.

Deux ans plus tard, la direction centrale de la Révolution à l’extérieur confirma son maintien à la tête de la Wilaya avec le grade de colonel. Il conserva le commandement de la Wilaya VI jusqu’à l’Indépendance.

Sous sa direction, la Wilaya VI fit face à l’ensemble des manœuvres coloniales du général de Gaulle. Sur le plan politique, elle s’opposa au projet de la « paix des braves » ainsi qu’au projet visant à séparer le Sahara du reste de l’Algérie.

Sur le plan économique, les unités de l’Armée de libération nationale (ALN) intensifièrent leurs opérations contre les centres et les installations pétrolières françaises et étrangères, afin de faire échec au projet visant à maintenir le Sahara sous domination française, défendu notamment par Max Lejeune.

Sur le plan médiatique, la Wilaya mena également de nombreuses actions de sensibilisation auprès de la population et publia la revue « Écho des Montagnes », afin de lutter contre l’occupation française et les mouvements hostiles à la Révolution.